La Facultad de Medicina de la Universidad Finis Terrae fue creada en 2001, según consta en el Acta de la sesión N°142 del Consejo Superior. En enero de 2002, fue nombrado decano el Dr. Santiago Soto Obrador, y en octubre del mismo año se creó la Escuela de Kinesiología, designando como su director al Dr. Luis Maya Castillo. En marzo de 2003 ingresó la primera generación de estudiantes de Kinesiología, iniciándo además las gestiones para establecer convenios externos con centros de salud, con el fin de desarrollar las asignaturas contempladas en el plan de estudios. En 2007 se tituló la primera generación de kinesiólogos y licenciados en Kinesiología.
En 2009, el Dr. Alberto Dougnac asumió como decano de la Facultad de Medicina y el Dr. Mauricio Soto como vicedecano. Ambos confirmaron al Dr. Luis Maya en el cargo de director de la Escuela de Kinesiología y al Klgo. Claudio Villagrán como secretario académico. Las nuevas autoridades resolvieron modificar la estructura organizacional de la Facultad y reorientar la misión de la Escuela, implementando diversas innovaciones: ajustar los requisitos de admisión, definir el número de vacantes de acuerdo con la infraestructura y los campos clínicos disponibles, formalizar los convenios docente-asistenciales conforme a la Normativa N°18 del Ministerio de Salud, e incrementar el número de docentes con vínculo contractual, promoviendo su integración, capacitación y evaluación. Asimismo, se creó la Oficina de Educación Médica para fortalecer el proceso de enseñanza-aprendizaje. En respuesta a los lineamientos de la Vicerrectoría Académica, la carrera revisó su perfil de egreso y modificó el plan de estudios, adaptándose al Nuevo Modelo Formativo de la Universidad.
Ese mismo año, el Dr. Hermann Zbinden se incorporó a la Escuela de Kinesiología como coordinador de la línea de investigación, con el propósito de desarrollar programas de postítulo y postgrado. Como resultado de esta gestión, en 2010 la Escuela inauguró la primera versión del Magíster en Ciencias de la Salud y el Deporte, acreditado por siete años en 2018 y ratificado por la Comisión Nacional de Acreditación (CNA) en 2019.
En 2013 se produjo un cambio de autoridades: el Klgo. Claudio Villagrán Soto asumió como director de Escuela; la Klga. Sandra Bittner Salgado, como directora de carrera; y el Klgo. Marco Kokaly Farah, como coordinador de campos clínicos. Durante este periodo se fortaleció la estructura académica y administrativa, incorporando nuevos docentes al cuerpo académico. Ese mismo año se realizó un análisis curricular que derivó en la modificación y actualización del plan de estudios.
En 2015 se llevó a cabo el primer proceso de autoevaluación con fines de acreditación, que culminó con la acreditación por cuatro años otorgada por la agencia Acreditacción, vigente hasta diciembre de 2019. Ese mismo año se aprobó la creación del segundo programa de magíster de la Escuela de Kinesiología: el Magíster en Fisiología Clínica del Ejercicio, dirigido por el Dr. Jorge Cancino y actualmente en proceso de acreditación por la CNA.
En la actualidad, la estructura administrativa de la carrera contempla al Klgo. Juan Pablo Lara como coordinador del Ciclo Básico; a la Klga. Loreto Espejo como coordinadora del Ciclo Preclínico; y a la Klga. Magdalena Elgueta Zúñiga como coordinadora del Ciclo Clínico. Además, cuenta con los siguientes coordinadores de línea: Klgo. Andrés Valladares (Musculoesquelética), Klgo. Joaquín Herrero Silva (Neurorrehabilitación), Klgo. David Wood Valverde (Cardiorrespiratorio) y Klgo. Rodolfo Hidalgo Navarrete (Actividad Física).